Los padecimientos y vicisitudes de la guerra civil dejaron mermada la salud y el ánimo de Chiqui, hasta el punto de atravesar una profunda crisis en su respuesta a la llamada de Dios. José María Hernández Garnica se instala en San Sebastián, donde se incorpora al ejército nacional y comienza a preparar los exámenes de Ingeniería.
El día 1 de abril de 1939 terminó la guerra, José María en Granada, adonde había sido trasladado preso con su regimiento.
Desde Sevilla, se desplazó a Vitoria donde estuvo cuatro días con su madre que estaba viviendo ahí. Fue al Obispado a preguntar por las señas de San Josemaría y le dijeron que estaba en Madrid y que en cambio José María Albareda residía en Vitoria.
De Vitoria se trasladó a San Sebastián, allí se incorporó al ejército en espera de que lo licenciasen definitivamente.
Desde allí, el 17 de abril de 1939, escribe a san Josemaría una carta muy significativa: “¡Por fin! dirá Vd. cuando vea estas líneas del hijo más desagradecido que tiene Vd.; me encuentro aquí arreglando mis asuntos; me he presentado en la Caja y estoy pendiente de la Junta de Clasificación y después me destinarán a un Regimiento; creo que probablemente será en esta ciudad, a Zapadores nº 6.
Después de algunas vueltas conseguí encontrar su pensión y visto que no estaba le dejé unas líneas y ya he recibido una carta suya. Cuando tenga las cosas arregladas definitivamente ya escribiré.
Me encuentro en ésta después de una larga y penosísima soledad; casi igual de solo que antes y un poco frío; soy casi un náufrago que necesita un «salvavidas» y que me den una fuerte paliza para reaccionar, y tengo unas ganas muy grandes de poder charlar con Usted un rato para ver si me pongo al compás de todo”.
El 27 de abril de 1939 San Josemaría le responde por carta: “Queridísimo Chiqui: por los deseos tuyos puedes deducir los que tengo, de abrazarte y charlar. Si me necesitas, haré un viaje enseguida aunque sea al fin del mundo. Tú tienes la palabra. Anímate. Después de lo que has sufrido […], necesitas reponerte. Luego… ¡verás qué bien reaccionarás y qué bien trabajarás! Ánimo: yo te aseguro que, si me cumples el plan de vida que te di, habrás de bendecir la guerra, porque tendrás más experiencia y más reciedumbre para seguir trabajando”.