Una vez escapa de casa de su tio José María se refugió entonces en casa de su madre, en la calle Conde de Aranda.
Es detenido el 10 de noviembre -denunciado por el portero porque era conocido que iba a misa- y llevado a la Cárcel Modelo. Trasladado a la de San Antón, le condenan a muerte.
El día 27 de noviembre de 1936, había subido al camión que lo llevaría a Paracuellos para ser fusilado, cuando oyó una voz que le decía: «Chiqui, baja del camión» alguien dijo que quedaba a cargo del Presidente del Tribunal de represión del fascismo.
Bajó al patio de la prisión y, sin más, lo devolvieron a una celda de la carcel de San Antón.
Ese Tribunal lo juzga el 5 de febrero de 1937 y condena a ocho meses de cárcel por desafección al régimen, que cumple en el Penal de San Miguel de los Reyes y el día 6 de febrero es trasladado a la Cárcel Modelo de Valencia.
Cuando lo detuvieron «su madre, Adela, le dijo a la Virgen que, si Chiqui se salvaba, no se opondría a su vocación».
José María había pedido la admisión en el Opus Dei un año antes del inicio de la Guerra Civil Española.